Фамилия Кринюченко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко. В украинской ономастике суффикс -енко (а также его варианты -ченко, -щенко) изначально означал «сын» или «потомок» и закрепился в Поднепровье и на Левобережной Украине, вытеснив русское -ов/-ев. Кринюченко, таким образом, — это «сын Кринюка» или «потомок человека по прозвищу Кринюк».

Основа фамилии — Кринь (Крин). Здесь возможны два основных объяснения, и оба ведут в народную речь. Первое и самое вероятное: диалектное украинское слово «криня» — так в некоторых говорах называли кринку, глиняный горшок для молока. Прозвище Кринюк могли дать гончару, который делал такую посуду, либо человеку, торговавшему молоком и сметаной в кринках. Второе значение: «кринь» — это колодец, родник (сравните с белорусским «креница»). Тогда Кринюк — человек, живший у колодца или ключа, либо колодезный мастер. В обоих случаях прозвище носило бытовой, утилитарный характер.

Ударение в фамилии падает на второй слог — Кринюче́нко, что типично для украинских фамилий на -енко. По сословной принадлежности носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками — именно в этих средах украинская модель на -енко получила самое широкое распространение в XVII–XVIII веках. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её народное происхождение.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины: Черкасской, Полтавской, Киевской, а также к югу России, куда украинские фамилии массово мигрировали в ходе переселений XVIII–XIX веков. Встречаются однокоренные варианты: Кринько (прямая основа без суффикса), Кринюк (исходное прозвище), Криниченко (от «криниця» — колодец). Кринюченко стоит в этом ряду как вторичная форма, образованная от уже готового прозвища Кринюк через патронимический суффикс.