Фамилия Крипайтите — литовская, и её окончание -ите сразу указывает на женский род. В литовской антропонимии фамилии жён и незамужних дочерей образуются иначе, чем мужские. Мужская форма этой фамилии — Крипайтис (Kripaitis). Окончание -айтис (-aitis) в мужском варианте — один из самых распространённых патронимических суффиксов в Литве, он означает «сын такого-то». То есть Крипайтис — буквально «сын Крипаса» или «сын Крипаса». А Крипайтите — «дочь Крипаса» или «жена Крипайтиса».

Основа фамилии — Крипас (Kripas). Это древнее литовское личное имя или прозвище. В литовском языке слово «kripas» имеет несколько значений, и самое вероятное — «коротышка», «малорослый человек». Сравните с глаголом «kripti» (горбиться, сгибаться) или прилагательным «kripus» (согнутый, кривой). Прозвище Крипас могли дать человеку невысокого роста, сутулому или с какой-то физической особенностью, связанной с осанкой. Встречаются и старые записи, где «Kripas» фигурирует как самостоятельное имя, но к XIX веку оно уже перешло в разряд фамильных прозвищ.

Географически фамилия Крипайтис и её женские формы сосредоточены на северо-востоке Литвы, особенно в Паневежском и Утенском уездах. Это регионы, где патронимические фамилии на -айтис особенно часты. Встречаются также варианты Крипавичюс (Kripavičius) и Крипаускас (Kripauskas) — они образованы от той же основы, но с другими суффиксами, что говорит о разветвлённости одного корня в литовской ономастике.

В России и Беларуси фамилия Крипайтите — редкая, и её носительницы, скорее всего, имеют литовские корни или происходят из семей, переселившихся в советское время. Замужняя женщина в Литве сменила бы Крипайтите на Крипайтене (Kripaitienė), а дочь оставалась бы с формой на -ите до брака. Таким образом, по фамилии Крипайтите можно определить не только происхождение предков, но и семейное положение женщины на момент, когда фамилия закрепилась.