Фамилия Крнаксин — редкая и сразу привлекает внимание своим необычным звучанием. В ней нет славянского корня, который был бы понятен на слух, поэтому логичнее всего искать её истоки в тюркских или финно-угорских языках, а также в диалектах народов Поволжья и Урала.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: это типичная русская фамилия на -ин, образованная от прозвища или имени, которое оканчивалось на гласный звук. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Крнаксы, внук Крнаксы. Основа «Крнакс-» — вот где главная загадка.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркским или монгольским словом «корнак» (или «кырнак»), которое в разных диалектах означает «глухой», «тугой на ухо» или «непонятно говорящий». В таком случае прозвище Крнакса мог получить человек с ослабленным слухом или невнятной речью. В русских говорах это слово могло трансформироваться в «крнакса» (человек, который кряхтит, издает гортанные звуки). Также существует версия, что в основе лежит татарское «кырнак» — «согнутый», «скрюченный» (например, от старости или тяжелой работы).

Менее вероятно, но возможно, что фамилия восходит к личному имени. У некоторых народов Поволжья (чувашей, татар) существовали имена-обереги, образованные от слов с негативным значением — чтобы отогнать злых духов. Имя Крнакса могло означать «Глухарь» или «Неслышащий» и давалось ребенку, чтобы он на самом деле вырос здоровым.

Географически фамилия Крнаксин тяготеет к Среднему Поволжью и Приуралью. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках носители этой фамилии встречаются среди крестьян и мещан Казанской, Вятской и Уфимской губерний — в зоне активного смешения русского, татарского и финно-угорского населения. Именно в этой среде и могли возникнуть подобные прозвища, позже закрепленные в фамилиях.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных христианских имен, Крнаксин — фамилия по прозвищу, и её носители, скорее всего, не были дворянами. Это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвище точнее описывало человека, чем церковное имя.