Фамилия Крольченко образована по очень продуктивной для украинской и южнорусской ономастики модели: основа плюс суффикс -енко. Этот суффикс (в старину — уменьшительный, а затем — патронимический, то есть «сын такого-то») встречается у каждой четвертой украинской фамилии. В основе здесь лежит прозвище Кроль. В отличие от распространенного мнения, напрямую связывать его с уменьшительным от «кролик» не совсем верно: в старых говорах слово «кроль» чаще означало не зверька, а короткий шаг, походку вразвалку или даже хромоту (ср. диалектное «кролю» — хромаю). Так могли прозвать человека, который ходил вперевалку или прихрамывал.

Впрочем, есть и вторая версия, не менее правдоподобная. В польском и западноукраинском языках «król» (круль) — это король. Фамилия Кроль (а затем Крольченко) могла быть шутливым прозвищем: либо человека, который вёл себя по-царски, либо участника народных игр и святочных обрядов, где выбирали «короля». В пользу этой версии говорит и то, что фамилия Крольченко встречается не только в центральной Украине, но и на западе, в частности в Волынской и Ровенской областях, где польское влияние было сильным.

Суффикс -енко указывает, что носитель фамилии — потомок человека по прозвищу Кроль. То есть первый Крольченко был, скорее всего, сыном того самого хромого, вразвалку ходящего крестьянина или, наоборот, сыном шуточного «короля» из сельского обряда. Фамилия эта — казацкая по типу, она массово закрепилась в среде реестрового казачества и мещанства в XVII–XVIII веках. Географически Крольченко чаще всего встречаются в Черниговской, Полтавской и Сумской областях, что подтверждает её левобережное украинское происхождение.

Интересная деталь: в русских переписных книгах XVIII века фамилию иногда записывали как «Кральченко» — под влиянием аканья или просто из-за неграмотности писаря. Но корень оставался тем же. Сегодня это одна из фамилий, по которой можно безошибочно определить, что предки жили на территории бывшей Гетманщины, где патронимические фамилии на -енко были основным способом называть людей.