Фамилия Круханов образована от прозвища Крухан. Основа — диалектное слово «крухан», которое в псковских и тверских говорах означало «крутой обрыв», «яр», «овраг». Человек мог получить такое прозвище по месту жительства — на краю оврага или у крутого берега реки. В некоторых северо-западных говорах «круханом» называли также упрямого, несговорчивого человека — того, кто «крут» нравом. Обе версии лингвистически состоятельны: связь с рельефом для русских фамилий типична, а переносное значение «крутой» — тоже распространённая модель для прозвищ.

Суффикс -ов указывает на стандартную патронимическую модель: Круханов — «сын Крухана». Фамилия недвусмысленно русская, сформировалась в среде крестьян и посадских людей, где прозвища были основным источником родовых имён. В документах XVII–XVIII веков фамилия нередко встречается в псковских и новгородских писцовых книгах — это подтверждает географическую привязку к северо-западу Руси.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в одном ряду с Крутовым, Крутиковым и Крутогоровым, но отличается более редкой основой. Если Крутов прямо указывает на характер, то Круханов сохранил диалектную форму, которая за пределами псковско-тверского региона была малопонятна. Именно это делает фамилию локально маркированной: её носители, скорее всего, происходят из ограниченной области, где слово «крухан» было в ходу.

Встречаются варианты написания Крухонов (с «о» во втором слоге под влиянием аканья) и единичные случаи Круханнов с удвоенной «н» — но это уже результат поздней канцелярской ошибки. Основная форма Круханов устойчива и не имеет тюркских или иноязычных параллелей, несмотря на внешнее сходство с фамилиями на -хан.