Фамилия Крупеницын образована от прозвища Крупеница, а оно, в свою очередь, — от слова «крупа». Это типичная русская фамилия с патронимическим суффиксом -ын, который присоединялся к основам на -а: Крупеница → Крупеницын, то есть «сын Крупеницы». Суффикс -ын встречается реже, чем -ин, и чаще закреплялся за прозвищами, а не за крестильными именами.

Что могло означать прозвище Крупеница? Здесь не одна, а три равноправные версии. Первая, самая прямая: прозвище дали торговцу крупой или человеку, который варил крупеничку — старинную кашу из пшена или гречки с яйцом и маслом. Вторая версия — насмешливая. В народе «крупеницей» иногда дразнили солдата, особенно отставного, намекая на его скудный паёк и однообразную еду. Третья версия связана с ребёнком: «крупеница» могла быть ласковым или шутливым прозвищем малыша — аналогом современного «кроха» или «малявка», то есть маленький, как крупинка.

Какая из версий правдоподобнее? Всё зависит от региона и говора. В северных и центральных губерниях, где крупеничка была повседневным блюдом, прозвище скорее относилось к повару или торговцу. В южных, где крупу чаще называли «пшено», — к солдату. Детское прозвище могло возникнуть где угодно, но оно менее устойчиво: обычно такие прозвища не передавались в фамилию, если ребёнок не вырастал и не закреплял его за собой.

Словообразовательная модель Крупеницын — редкая для фамилий от прозвищ на -ица. Обычно такие основы давали фамилии на -ин: Крупеницын, а не Крупеницин, что указывает на старую, допетровскую фиксацию. Встречаются однокоренные фамилии: Крупеник, Крупников, Крупенич, Крупянский. Но Крупеницын стоит особняком именно из-за суффикса -ын, который в русской ономастике чаще встречается в фамилиях от имён на -а (Сорокин, Птицын), а здесь присоединён к прозвищу с тем же окончанием.

Точных сведений о сословной принадлежности Крупеницыных нет. Скорее всего, это фамилия крестьянская или мещанская: прозвища по роду занятий и внешности редко давали дворянам. Встречается она в основном в центральной России и Поволжье, но массовой географией не отличается — это редкая фамилия, что делает каждую её ветвь ценной для семейной истории.