Фамилия Крупицына — женская форма фамилии Крупицын, которая образовалась от прозвища или мирского имени Крупица. В основе лежит слово «крупа» — мелко дробленое зерно. Прозвище Крупица могли дать человеку невысокого роста, щуплому, либо тому, кто торговал крупой или работал на крупяном производстве. В русских говорах «крупица» означала и «малую часть», «крошку», поэтому прозвище могло носить ироничный или ласкательный оттенок.

Фамилия построена по типичной восточнославянской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Крупицын — сын Крупицы. Важно, что в основе лежит не прилагательное «крупный», а именно существительное «крупица». Это отличает фамилию от однокоренных Крупнов, Крупеников или Крупин. Форма Крупицын встречается реже, чем Крупин, что делает её более локальной: по данным исторических записей, фамилия была распространена в северных и центральных губерниях России, особенно в Вологодской и Ярославской областях.

В дореволюционных документах фамилия фиксируется с конца XVII века. В переписных книгах можно встретить крестьян и посадских людей с прозвищем Крупица, которые затем передали его потомкам как фамилию. Дворянских родов Крупицыных не известно — фамилия почти всегда оставалась крестьянской или мещанской. В современной России носители фамилии сосредоточены в основном в Поволжье и на Урале, куда переселялись крестьяне в XIX веке.

Ономасты (например, Б. Унбегаун) относят фамилию к группе «едальных» прозвищ, которые давали по продукту питания, с которым был связан человек. Спорных версий здесь нет: корень прозрачен, суффикс типичен, а альтернативное объяснение от слова «круп» (лошадиная болезнь) маловероятно — такое прозвище не прижилось бы в крестьянской среде.