Фамилия Кряучюнас — литовская по происхождению, но её основа не балтийская, а славянская. Она образована от прозвища Кряучюс, которое восходит к русскому или белорусскому слову «кряч» (утка-кряква) или глаголу «крякать». В литовском языке это заимствование адаптировали, добавив типичный фамильный суффикс -юнас (-ūnas), который указывает на принадлежность к роду или местности: Кряучюнас буквально значит «сын или потомок Крячуса».

Такая модель — славянская основа плюс литовский суффикс — встречается в Литве нередко, особенно в южных и восточных регионах, где веками жили смешанные русско-литовские общины. Прозвище Кряучюс могли дать человеку с хриплым, «крякающим» голосом, либо тому, кто держал уток или напоминал их поведением. Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит личное имя Кряч — краткая форма от христианского имени Крещен (Крещентий), но документальных подтверждений этому нет.

Фамилия редкая и локальная. По данным современных переписей, большинство носителей живёт в Литве, в основном в Аукштайтии (северо-восток страны), где сохранились старые говоры с чертами славянского влияния. Встречается также у литовцев в Латвии и среди потомков эмигрантов в США и Бразилии. В русском языке фамилию часто записывают как Кряучюнас или Кряучунас — двойное «я» на стыке основы и суффикса возникает из-за передачи литовского долгого ū.

Сравните с другими литовскими фамилиями на -юнас: например, Станкявичюс (от польско-белорусского Станко, уменьшительного от Станислав) или Буткявичюс (от литовского butas — «квартира, дом»). Кряучюнас стоит особняком: его основа — чисто звукоподражательное прозвище, без связи с профессией или географическим названием. Это типичный случай, когда фамилия рассказывает не о занятии предка, а о его личной особенности — в данном случае, о голосе или манере поведения.