Фамилия Кржесинская — это женская форма польской или белорусской фамилии Кржесинский (Krzesiński). Её основа — слово «кшес» (krzyż), что по-польски означает «крест». Это одна из тех фамилий, которые образованы не от имени или профессии, а от названия географического объекта или прозвища, связанного с местностью.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: корень «Кржес-» (польское «кшиж» — крест) + суффикс «-ин-» (указывающий на принадлежность) + окончание «-ский/-ская». Типичный суффикс «-ский» в польской и восточнославянской традиции чаще всего указывает на дворянское или шляхетское происхождение, но в XIX веке такие фамилии массово получали и крестьяне при переходе на фамилии, а также католическое духовенство. В русском контексте фамилия сохранила польское написание «Крже-» вместо более привычного «Кржи-» или «Кши-».

Географически фамилия связана с территорией бывшей Речи Посполитой: современная Польша, Западная Беларусь, Литва и Западная Украина. В основе мог лежать топоним вроде Кшесин (Krzysin) или Кшесино — деревня с крестом в центре, на перекрёстке дорог, или место, где стоял поклонный крест. Встречается также версия, что прозвище «Кшесь» давали человеку, жившему у придорожного креста или у часовни.

С точки зрения сословной принадлежности, Кржесинские — почти наверняка потомки мелкой шляхты (застянковой, то есть небогатой) или католического духовенства униатского обряда. В Российской империи после разделов Польши такие фамилии нередко русифицировали, заменяя «Крже-» на «Крест-» или «Крестовский», но часть носителей сохранила исходное написание. Фамилия не из частых — в современных польских и белорусских базах она встречается редко, что говорит о её локальном распространении.

Спорных версий немного: некоторые любители этимологии пытаются связать её с чешским «кржес» (куст) или литовским «кржес» (граница), но это маловероятно. Основная масса ономастов (Б. Унбегаун в «Русских фамилиях» и польские исследователи) сходится на «кресте» как на первичном значении — и по звучанию, и по словообразовательным параллелям вроде Кржижановский, Крестовский, Кшиштоф.