Фамилия Кржушков — редкий случай, когда географический и языковой след почти не оставляет сомнений в происхождении. Её основа, скорее всего, не связана с русскими корнями «кружок» или «крушить», как может показаться на слух. В основе лежит польское или западнорусское слово krzyż (крест). В польском произношении «кшиж» (krzyż) через процесс адаптации (замена «ш» на «ж» и смягчение) могло дать форму «кржуш». Суффикс «-к-» в основе («Кржушк-») — типичный уменьшительный или прозвищный формант. Таким образом, Кржушков — это потомок человека, которого в округе звали «Кржушка» (маленький крест, крестик) или «Кржуш» (вероятно, от прозвища вроде «крестоносец», «тот, кто носит крест» или «живущий у креста»).

Словообразовательная модель здесь классическая для восточнославянских фамилий: прозвище на «-к(а)» → притяжательное прилагательное с суффиксом «-ов» (чей? — Кржушков). Суффикс «-ов» указывает на русскую или белорусскую среду бытования. Фамилия явно несёт следы польского влияния на западных землях Российской империи (современные Беларусь, Смоленщина, Брянщина). В польских фамилиях встречается вариант Кшишковский (от Krzyż + -owski), а Кржушков — его более короткая, «опрощенная» версия, которая закрепилась в крестьянской или мещанской среде.

Версия о происхождении от личного имени Кржиштоф (польская форма Христофора) возможна, но маловероятна: от него обычно образовывали фамилии Кржиштофович или Кржишковский, а не Кржушков. Ещё одна гипотеза — связь с диалектным словом «кржуш» (сухой сук, коряга), но это слово не зафиксировано в словарях как распространённое. Самая надёжная нить ведёт к «кресту».

По сословной принадлежности Кржушковы, скорее всего, были крестьянами или однодворцами (служилые люди на южных и западных рубежах). Фамилия не дворянская и не купеческая: её носители не попали в родословные книги, а редкая основа указывает на локальное, деревенское происхождение. В современных адресных справочниках Кржушковы встречаются единично, в основном в Центральной России и Беларуси, что подтверждает её «угасающий», локальный характер.