Фамилия Кшакирова — редкий случай, когда основа слова не поддаётся однозначному истолкованию в рамках славянской лексики. Это сразу указывает на её иноязычные корни. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от тюркского или иранского прозвища, которое со временем русифицировалось с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ов (в женском роде -ова). Мужской вариант — Кшакиров.

Разберём основу «Кшакир». В русском языке слова с таким корнем нет. Наиболее вероятная версия связывает её с тюркским словом «кшак» или «кышак» — в ряде тюркских наречий это означает «зимний», «зимовье», «зимняя стоянка». В таком случае прозвище Кшак или Кшакир могли дать человеку, родившемуся зимой, либо тому, кто жил на зимнем пастбище, сторожил скот в холодное время года. Суффикс -ир в тюркских именах иногда выполняет роль усилителя или указывает на деятеля: «Кшакир» — «зимующий», «тот, кто связан с зимой».

Вторая, менее распространённая версия, отсылает к иранскому «кшак» — «отруби», «мякина». Прозвище Кшак мог получить крестьянин, занимавшийся помолом грубого зерна или кормлением скота отрубями. Однако для фамилии, а не для прозвища, эта версия слабее: вряд ли такое занятие стало бы основой для наследственного именования настолько широко, чтобы закрепиться.

Фамилия Кшакирова — яркий пример того, как русский суффикс -ов наложился на нерусскую основу. Такие фамилии встречаются в регионах, где исторически был тесный контакт славян с тюркскими и иранскими народами: в Поволжье, на Урале, в Западной Сибири, в южных степях. Носительница фамилии Кшакирова может иметь корни из этих областей, а её предки, скорее всего, были крестьянами или скотоводами, чьё прозвище указывало на время года или место зимовки.