Фамилия Кшиков — редкий пример, где исходное прозвище почти наверняка связано не с русским, а с тюркским или, шире, восточным корнем. Основа «Кшик» встречается в нескольких тюркских языках, где имеет значение «маленький», «короткий» или «младший». В татарском, башкирском, казахском языках есть слово «кеше» (человек), но «кшик» — это именно уменьшительная форма, указывающая на небольшой рост, юный возраст или даже на социальное положение младшего члена семьи.

Словообразовательная модель проста: к основе «Кшик» прибавлен русский патронимический суффикс «-ов», который превращает прозвище в фамилию со значением «сын Кшика» или «потомок человека по прозвищу Кшик». Суффикс «-ов» — стандартный для русских фамилий, образованных от прозвищ или имен, оканчивающихся на согласный. Это говорит о том, что носитель прозвища жил в русскоязычной среде, но его предок получил тюркское прозвище.

Вероятная география фамилии — Поволжье, Урал или Западная Сибирь, где исторически плотно контактировали русские и тюркские народы. В татарской среде встречаются фамилии Кшиков, Кшеков, Кшевских — все они восходят к одному корню. Фамилия могла возникнуть в среде крещёных татар, мишарей или башкир, перешедших на русский язык, либо у русских, получивших прозвище от соседей-тюрков.

Есть и менее вероятная версия, связывающая фамилию с польским или белорусским словом «kszyk» (крик, шум) — так могли прозвать крикливого человека. Но эта гипотеза слаба, потому что в польской ономастике фамилия Кшиков практически не встречается, а суффикс «-ов» для польских фамилий нетипичен (там была бы форма Кшик или Кшикевич).

Фамилия Кшиков не относится к числу дворянских или старых боярских — её нет в родословных книгах. Это типичная поздняя фамилия, которая закрепилась за крестьянами или мещанами в XIX веке, когда у бывших государственных и помещичьих крестьян массово фиксировали фамилии по прозвищам. Сегодня она остаётся редкой: по данным современных телефонных справочников, основные носители живут в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях.