Фамилия Ксюковський — довольно редкая, и её происхождение можно восстановить по словообразовательной модели, хотя точных исторических записей о ней почти нет. В основе фамилии лежит имя Ксюк, которое, скорее всего, является уменьшительной или разговорной формой от канонического имени Ксенофонт (греч. «чужеголосый», «необычный голос»). В украинской и южнорусской традиции часто усекали длинные имена: Ксенофонт превращался в Ксюка, а от него уже образовывали фамилии.

Суффикс -овськ- (в украинском написании -овський, в русском -овский) указывает на типично польско-украинскую модель образования фамилий по территориальному или владельческому признаку. Первоначально Ксюковський — это прозвище человека из поселения, названного по имени Ксюк (например, хутор Ксюков или Ксюковка), либо указание на принадлежность к роду Ксюка. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые означали «чей?» (сын Ксюка), суффикс -ський в украинской среде часто закреплялся за шляхтой или зажиточными крестьянами, но со временем стал массовым и у простых людей.

Географически фамилия Ксюковський тяготеет к западным и центральным областям Украины — Волыни, Подолью, Киевщине, где были распространены фамилии на -ський. Встречается она и в Польше, где могла писаться как Ksukowski, но там корень, вероятно, тот же — от имени Ксюк. В России эта фамилия почти не фиксируется, что подтверждает её украинские корни.

Версия о происхождении от прозвища Ксюк, связанного с диалектным словом «ксюк» (в некоторых говорах — «кислый», «неприятный»), маловероятна: такое прозвище было бы слишком редким и не дало бы целого гнезда фамилий. Куда правдоподобнее, что Ксюк — это простонародная форма имени Ксенофонт, которое в XVIII–XIX веках давали в крестьянских семьях, а затем от него образовали фамилию по типичной для Украины модели. Таким образом, предки носителя фамилии Ксюковський были, скорее всего, украинскими крестьянами или мещанами, жившими в селе или хуторе, названном в честь одного из Ксюков.