Фамилия Ксюсев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа «ксюс» не встречается в современных русских словарях, поэтому разбирать фамилию приходится через историю имён и прозвищ.

Скорее всего, Ксюсев образован от имени или прозвища Ксюс, а то, в свою очередь, — от канонического женского имени Ксения. В русской народной традиции полные имена часто сокращали до простых и ласковых форм: Ксеня, Ксюша, Ксюня, а также Ксюс. Уменьшительное «Ксюс» могло закрепиться за мужчиной по имени матери или жены (так называемое матримониальное прозвище) либо за ребёнком, которого в семье ласково называли в честь матери Ксении. Суффикс -ев в фамилии указывает на принадлежность: «сын Ксюса» или «из рода Ксюса».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «ксюс» или «ксюза», которое в некоторых говорах означало «кислый», «плаксивый» или относилось к человеку с капризным характером. Однако эта гипотеза слабая, так как слово не зафиксировано в авторитетных словарях русских говоров как распространённое.

Фамилия Ксюсев — яркий пример того, как редкое женское имя в уменьшительной форме стало основой для мужской фамилии. Она не имеет дворянского или географически привязанного происхождения и, скорее всего, возникла в крестьянской или мещанской среде на севере или северо-востоке России, где были распространены фамилии на -ев от личных имён. Встречаемость фамилии сегодня крайне низкая, что делает её уникальной и трудной для генеалогического поиска без обращения к конкретным метрическим книгам.