Фамилия Ксюжения — редкая, и её происхождение неочевидно. В ней нет типичных русских фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский), что сразу наводит на мысль об искусственном или книжном происхождении. Скорее всего, перед нами не патронимическая (по отцу) и не топонимическая фамилия, а форма, образованная от женского имени Ксения.

Ключевая загадка — суффикс -жениj-. В русской ономастике известны фамилии на -ения, -иния, которые часто встречаются у духовенства. Семинаристам в XVIII-XIX веках при поступлении нередко меняли «мирские» фамилии на более благозвучные, образованные от церковных имён или понятий. Ксюжения могла возникнуть как «латинизированная» или «грецизированная» форма от имени Ксения (греч. Xenia — «гостеприимство», «чужестранка»). По аналогии с фамилиями вроде Спасский, Рождественский, но с заменой суффикса на -ения, что придаёт ей оттенок книжности и церковной среды.

Вторая версия, менее вероятная, — что основа не имя, а прозвище. В диалектах слово «ксюжа» или «ксюж» могло означать нечто мелкое, скудное (от «ксузить» — скупиться, урезывать). Тогда Ксюжения — «сын скупого человека», но эта гипотеза слабая: суффикс -жениj не характерен для русских прозвищных фамилий, он явно вторичен и привнесён.

Если фамилия действительно семинарская, её носители — выходцы из среды церковнослужителей. Географически такие фамилии встречаются рассеянно, без ярко выраженного ареала, но чаще в северных и центральных губерниях, где было много духовных училищ. Проверить это можно по архивным спискам выпускников семинарий XVIII-XIX веков — там фамилии на -ения попадаются регулярно (например, Терпения, Крещения).

Таким образом, Ксюжения — это, вероятно, не случайное искажение, а осознанно сконструированная фамилия, за которой стоит либо церковная традиция переосмысления имён, либо попытка придать простому прозвищу «учёный» вид.