Фамилия Ктулхин — случай редкий, почти единичный, и её разговор стоит начать не с корня, а с осознания, что она не вписывается в традиционные русские фамильные модели. В привычном словообразовании фамилий на -ин основа обычно происходит от имени или прозвища, оканчивающегося на -а/-я: Пушка — Пушкин, Илья — Ильин. Ктулхин же выглядит так, будто исходное слово — «Ктулха» или «Ктулх», что для русского именослова XVI–XIX веков абсолютно нетипично.

Скорее всего, перед нами не исконная крестьянская или дворянская фамилия, а искусственное или позднее образование. Самая вероятная версия — литературное происхождение. Имя Ктулху (Cthulhu) придумал американский писатель Говард Лавкрафт в 1928 году. Фамилия Ктулхин могла появиться в XX веке как псевдоним или шуточная русификация: к мифическому чудовищу добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин. Такую фамилию могли взять поклонники лавкрафтовских ужасов, участники ролевых игр или писатели-фантасты.

Менее правдоподобна, но теоретически возможна версия о случайном совпадении. В некоторых говорах русского севера бытовали редкие слова вроде «ктул» — но они не зафиксированы в диалектных словарях. Если предположить, что в основе лежит местное прозвище Ктулха (от какого-то глагола или звукоподражания), то фамилия могла возникнуть естественным путём. Однако ни в одном источнике по ономастике — ни у Унбегауна, ни у Веселовского — такой корень не встречается, что делает эту гипотезу крайне слабой.

По суффиксу -ин фамилия грамматически русская, но её основа выдаёт необычную историю. В отличие от фамилий вроде Ломоносов или Кутузов, Ктулхин не имеет укоренённой социальной или географической привязки. Носители этой фамилии — если они существуют в реальности, а не в интернет-прозвищах — почти наверняка потомки людей, сознательно выбравших необычную фамилию в советское или постсоветское время. Это не фамилия предков, а фамилия-конструктор, собранная из культурного референса и русского патронимического суффикса.