Фамилия Кубанеишвили — яркий пример грузинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -швили, что в переводе с грузинского означает «дитя» или «рождённый». Этот формант, один из самых распространённых в восточной Грузии (особенно в Кахетии и Картли), указывает на происхождение от конкретного лица. В основе фамилии лежит прозвище Кубанеи, которое, скорее всего, не связано с грузинскими корнями, а указывает на географическое или этническое происхождение предка.

Наиболее вероятное объяснение: прозвище Кубанеи восходит к гидрониму Кубань — названию крупной реки на Северном Кавказе, протекающей по территории Карачаево-Черкесии, Ставропольского края, Краснодарского края и Адыгеи. Этимология названия Кубань спорна. По одной из версий, оно происходит от карачаево-балкарского слова, означающего «поднимающаяся, разливающаяся». Ряд исследователей возводит его к древнетюркскому «куман» — «река, поток». Таким образом, прозвище Кубанеи могло закрепиться за человеком, который переселился в Грузию с берегов Кубани, или за тем, чьё селение располагалось на этой реке. В грузинской ономастике такие «географические» прозвища, указывающие на чужую родину, не редкость.

Существует и альтернативная, менее правдоподобная версия, связывающая прозвище с древнетюркским прилагательным «кубан», то есть «синий». В этом случае Кубанеи могли прозвать бледного человека. Однако, учитывая ясную географическую привязку и наличие реального топонима, версия о происхождении от названия реки Кубань выглядит гораздо весомее.

Таким образом, фамилия Кубанеишвили буквально означает «дитя Кубанеи», то есть потомок человека, которого прозвали по месту его прежнего обитания — с реки Кубань. Это редкая фамилия, которая связывает своего носителя не с грузинским регионом, а с историческими миграциями с Северного Кавказа.