Фамилия Кубенгалиева — редкий случай, когда географический и этнический след прослеживается почти напрямую. Её основа — мужское имя Кубенгали, которое представляет собой сложение двух тюркских корней. Первый, «кубен», восходит к слову «кобан» или «кубан» — так в ряде тюркских языков называли реку Кубань или прилегающую к ней область. Второй, «гали», — это арабское имя عالي (Гали, «высокий», «великий»), широко распространённое в исламском мире. Таким образом, имя Кубенгали буквально означает «Великий с Кубани» или «Кубанский Гали». В отличие от многих фамилий, образованных от бытовых прозвищ или профессий, эта прямо указывает на конкретный регион — Северный Кавказ, а точнее, историческую область расселения ногайцев и кубанских татар.

Суффикс «-ева» в окончании — это стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность к роду. В женском роде (Кубенгалиева) он показывает, что носительница — дочь или жена человека по имени Кубенгали. Мужской вариант фамилии — Кубенгалиев. Такая модель типична для фамилий тюркского происхождения, адаптированных русской административной системой в XIX–XX веках: исходное имя бралось за основу, к нему присоединялся суффикс «-ев» (реже «-ов»), и так возникала фамилия, фиксирующая родство.

С точки зрения словообразования, здесь нет ничего необычного: сложное имя распалось на компоненты, но не изменилось фонетически. Однако интересна привязка к топониму. Если большинство тюркских фамилий образовано от личных имён (Ахметов, Ибрагимов) или профессий (Усманов — от «кузнец»), то Кубенгалиев/Кубенгалиева — это скорее «географический отпечаток». Предки носителей фамилии, вероятно, происходили из среды кубанских ногайцев или адыгов, принявших ислам, где имя Гали было популярно, а уточнение «кубанский» выделяло человека среди одноимённых сородичей.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Она сосредоточена в основном в регионах России с тюркским населением — в Башкортостане, Татарстане, а также в Астраханской области и на Северном Кавказе. За пределами России её можно найти среди потомков ногайской диаспоры в Турции и Румынии. В официальных документах фамилия фиксируется с конца XIX века, когда началась массовая русификация фамилий у кочевых народов.

Ошибочно было бы связывать фамилию с каким-либо конкретным ремеслом или сословием — это не прозвище, а именование по отцу и по месту. В отличие от, скажем, Кузнецовых или Сапожниковых, Кубенгалиевы не указывают на занятие предка, а лишь на его имя и происхождение. Поэтому для восстановления родословной стоит искать не профессиональные архивы, а метрические книги мечетей и списки населённых пунктов Кубани и Приазовья первой половины XIX века.