Фамилия Кубеткина — женская форма, а мужская — Кубеткин. В основе этой редкой фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Кубетка. Модель образования типична для русских фамилий: к основе на согласный добавляется суффикс принадлежности -ин (Кубетк-а → Кубетк-ин). Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Кубе́ткин.

Корень кубет- неочевиден и допускает несколько толкований. Самая вероятная версия связывает его с тюркскими языками, где слово «кубет» или близкие ему формы могли означать «сильный», «мощный», «дородный» (сравните с казахским «куат» — сила, мощь). В таком случае Кубеткой называли крепкого, здорового человека. Эта гипотеза согласуется с тем, что немало русских фамилий с суффиксом -ин образовано от тюркских прозвищ, особенно в южных и восточных регионах.

Менее убедительна, но возможна версия от диалектного глагола «кубеть» или «кубить» — в некоторых говорах это означало «гнуть», «горбить», «сгибать в дугу». Тогда Кубетка — прозвище сутулого или сгорбленного человека. Однако эта версия слабее, потому что глагол редок, а фамилия с таким значением была бы скорее исключением, чем правилом.

Географически фамилия Кубеткина встречается нечасто, но отчетливо тяготеет к Поволжью и Уралу. В дореволюционных записях можно найти Кубеткиных в Оренбургской, Самарской и Вятской губерниях — регионах, где веками шло смешение русского и тюркского населения. Это косвенно подтверждает тюркскую версию происхождения.

Сословно Кубеткины, судя по доступным данным, были преимущественно крестьянами или мещанами. Фамилия не относится к дворянским, не встречается в родословных книгах, а значит, её носители — потомки простых людей, получивших прозвище по внешней или внутренней характеристике.