Фамилия Кубичек звучит не по-русски, и это верная догадка. Перед нами типичная фамилия чешского или словацкого происхождения, которая попала в русский контекст, скорее всего, через западные регионы империи или через носителей-иностранцев. Разберем её по составу.

Основа — «Кубик» (Kubík), что является уменьшительной формой от имени Якуб (Jakub), то есть библейского Иакова. В славянской среде это имя давало огромное количество производных: Куба, Кубик, Кубата, Кубец. Суффикс «-ек» (-ek) в чешском и словацком языках — один из самых распространенных уменьшительных, но в фамилиях он часто теряет ласкательное значение и просто указывает на происхождение: «маленький Куба» или «сын Кубы». Таким образом, первый носитель фамилии Кубичек был, вероятно, сыном или потомком человека, которого в быту звали Кубик (маленький Якуб).

Окончание «-ек» в русской передаче не изменилось, что и выдает нерусское происхождение. Если бы фамилия адаптировалась по русским нормам, она звучала бы как Кубиков или Кубичкин. В чешском языке ударение падает на первый слог: Кубичек. В русском языке ударение часто смещается на второй слог — Кубичек, что тоже встречается.

Географически фамилия Кубичек наиболее частотна в Чехии, особенно в Моравии, и в Словакии. В Российской империи она могла появиться у обрусевших чехов, которых в XIX веке приглашали на работу (например, специалисты на заводы или учителя), либо у поляков или украинцев Галичины, где чешское влияние было заметно. Сословной принадлежности у такой фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и ремесленники, и городские жители. Редкость фамилии в России объясняется именно тем, что она не прошла через русскую словообразовательную машину, а осталась в исходной, западной форме.