Фамилия Кубинские — это типичная «географическая» фамилия, указывающая на место, откуда человек родом. Её основа, прозвище Кубинский, скорее всего, получил выходец из деревни Кубино. Эта деревня существует и сегодня — она расположена в Череповецком районе Вологодской области. Таким образом, предок носителей фамилии был, вероятно, уроженцем этих мест, и его прозвали по названию родного селения.

Сам топоним Кубино не имеет однозначного объяснения. Первая версия связывает его со словом «куб» — так на Русском Севере могли называть что-то округлое, похожее по форме, например, холм или углубление в рельефе. Вторая версия ведёт к тюркскому имени Кубай, означающему «бледно-бурый» (масть животного или цвет). В любом случае, прозвище Кубинский закрепилось за конкретным человеком, а его дети и внуки уже стали писаться Кубинскими — в форме множественного числа, как это было принято для обозначения целого рода или семьи.

Обратите внимание на суффикс -ск-. В русских фамилиях он чаще всего указывает на связь с географическим объектом (селом, городом, рекой). Фамилии на -ский/-ской традиционно носили дворяне, но на Русском Севере, в том числе в Вологодской губернии, этот суффикс был распространён и среди крестьян и духовенства. Поэтому Кубинские могли быть как крестьянами, переселившимися из Кубино, так и, например, священниками, получившими фамилию по месту службы.