Фамилия Кубраченко образована по типичной для украинских и южнорусских земель модели — с патронимическим суффиксом -енко. Он означает «сын» или «потомок»: Кубраченко — это буквально «сын Кубрака» или «потомок Кубраченка». Такие фамилии массово закрепились в XVI–XVIII веках на территории современной Украины, в частности в казачьей среде, а затем распространились на юг России, в том числе на Кубань и Дон.

Основа фамилии — прозвище или имя Кубрак. Его происхождение неочевидно, и тут есть несколько версий, из которых одна выглядит убедительнее других. Самая вероятная: Кубрак — производное от тюркского слова кобрак (вариант кубрак), означающего «бубен», «барабан» или «музыкальный инструмент». В украинских говорах и в языке запорожских казаков слово «кубрак» зафиксировано именно в значении «барабан» или «тулумбас» (большой казачий барабан). Тогда прозвище Кубрак могли дать барабанщику, музыканту, либо человеку шумному, громогласному.

Менее вероятно, но не исключено, что Кубрак — это вариант имени Киприан (в народной форме Куприян) с изменением согласных, или же уменьшительное от канонического имени Кубар (греческого происхождения, но редкого). Однако связь с тюркским «барабаном» поддерживается тем, что фамилия Кубраченко встречается в тех же регионах, где активно взаимодействовали славянское и тюркское население — в Запорожье, Слобожанщине, на Донетчине.

Географически фамилия Кубраченко сегодня сосредоточена на юго-востоке Украины (Днепропетровская, Запорожская области) и в прилегающих районах России (Краснодарский край, Ростовская область). В старых ревизских сказках и метрических книгах XIX века она фиксируется преимущественно среди казаков и крестьян. Дворянских родов с этой фамилией не известно — она оставалась в простонародной среде, что типично для фамилий на -енко.

Таким образом, предки носителей фамилии Кубраченко, скорее всего, были казаками или крестьянами южных земель, а первый Кубрак мог быть барабанщиком в войске или просто человеком с громким голосом — прозвище привязалось и перешло в фамилию по отцу.