Фамилия Кубрючухэ — редкая и, на первый взгляд, совершенно необычная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не славянское, а скорее всего, тюркское или кавказское. В русском языке нет корня «кубрюч» или «кубрю», и суффикс «-хэ» тоже нехарактерен для исконных русских фамилий (где типичны -ов, -ин, -ский). Поэтому основная версия — это русифицированная запись фамилии, принесённой переселенцами или беженцами, например, из Крыма, с Северного Кавказа или из Средней Азии.

Скорее всего, в основе лежит тюркское слово, которое могло звучать как «кюбрюк» (мост) или «кюбрю» (переносное значение — связующее звено, переправа). В некоторых тюркских языках, например, в кумыкском или карачаево-балкарском, есть слово «кёпюр» (мост). От него могли образовать прозвище Кюбрюкчи (мостостроитель, тот, кто живёт у моста), а при адаптации в русской среде фамилия могла видоизмениться до Кубрючухэ — особенно если носители долго жили в окружении, где смешивались разные диалекты.

Концовка «-хэ» — редкий суффикс, который может указывать на адыгское или абхазское влияние, где подобные окончания встречаются в фамилиях (например, Хатхе, Тлише). В таком случае фамилия может быть сложносоставной: первая часть — тюркская основа, а вторая — кавказский родовой показатель. Однако более вероятно, что «-хэ» — это просто искажение при записи в паспорте или метрике, когда чиновник записал окончание на слух, не зная оригинала.

Географически фамилия Кубрючухэ могла закрепиться в регионах исторического соседства славян и тюрков: на Кубани, в Ставрополье, в Астраханской области или в Крыму. Если предки были ремесленниками, то, возможно, занимались строительством или содержанием переправ. Если же основа — прозвище по месту жительства (у моста), то фамилия просто указывает на топографический ориентир.

Других версий, например, связи с личным именем Кубря (гипотетически от славянского «кубрик» — корабельное помещение), нет никаких доказательств. Скорее всего, это редкий пример фамилии-мигранта, которая в русском языке сохранила следы сразу нескольких языковых традиций.