Фамилия Кубские — это типичная русская фамилия дворянского или польского происхождения, образованная по модели притяжательных прилагательных с суффиксом -ск-. В отличие от массовых фамилий на -ов и -ин, которые давались крестьянам и мещанам, фамилии на -ский в России чаще всего принадлежали шляхте, духовенству или выслужившимся чиновникам. Если Кубские — коренные русские, то основа «Куб-» могла указывать на название местности: реку Кубань, село Кубенское (под Вологдой) или озеро Кубенское. В таком случае фамилия означала «выходец с Кубани» или «житель Кубенского края».

Однако есть и другая, более редкая версия. В некоторых южнорусских и украинских говорах «куб» означал не только геометрическую фигуру, но и кадушку, чан для варки пива или самогона. Прозвище Куб мог получить бондарь, изготовлявший такие кадки, или владелец винокурни. Тогда Кубские — потомки этого человека, а фамилия звучит как «принадлежащие Кубу». Суффикс -ск- в этом случае мог быть добавлен позже, при переходе прозвища в фамилию, что характерно для украинской и польской ономастики.

В польской традиции фамилия Kubski (Кубский) встречается чаще и имеет более прозрачную этимологию: от имени Якуб (Яков) через стяжение — Якубский > Кубский. В Речи Посполитой такую фамилию мог получить шляхтич, владевший поместьем Кубы или Кубово. При переходе в российское подданство окончание могли русифицировать, заменив -ий на -ие, чтобы подчеркнуть множественность рода («Кубские» как «семья Кубских»).

Географически фамилия редкая. В дореволюционных справочниках она почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, Кубские — это либо обрусевшая ветвь польской шляхты, либо потомки переселенцев с Кубани или из-под Вологды, получившие фамилию по месту выхода. Точное происхождение можно установить только по архивным записям конкретной семьи.