Фамилия Кубукулова звучит необычно для русского уха, и это прямой подсказчик её происхождения. Скорее всего, перед нами фамилия тюркская, пришедшая в русский обиход через народы Северного Кавказа или Поволжья. Основа «Кубукул» — это имя или прозвище, которое образовано по характерной для тюркских языков модели с аффиксом «-кул» (или «-гул»), что означает «раб» или «слуга». В ономастике исламского мира это распространённый компонент составных имён: «Кубукул» могло значить «раб Куба» (где «Куб» — одно из имён Аллаха) или же «раб» в более широком, переносном смысле — «слуга», «преданный человек».

Суффикс «-ова» в окончании — это уже чисто русское грамматическое оформление, указывающее на принадлежность женщине или жене. Полная мужская форма фамилии — Кубукулов. Такая двойная модель (тюркский корень + русский суффикс) типична для фамилий, которые закрепились в XIX–XX веках у народов, входивших в состав Российской империи, особенно у татар, башкир, кумыков, карачаевцев или балкарцев. В этих культурах компонент «кул» в именах встречается часто: вспомните фамилии Кубаев, Кулушев, или, например, известную татарскую фамилию Кулахметов.

Географически фамилия Кубукулова сегодня редкая. Её носители, скорее всего, сосредоточены на Северном Кавказе (Дагестан, Кабардино-Балкария) или в Татарстане. Встречаются варианты написания с одной «к» — Кубулова, но это может быть уже другая фамилия, образованная от имени Кубу (уменьшительное от Якуб). Поскольку фамилия не входит в число массовых, точных данных о её сословном происхождении нет: предки могли быть и крестьянами, и узденями (свободными общинниками), и даже служилыми людьми, если речь о татарских мурзах. Главное, что объединяет все версии, — имя-основа несло в себе религиозный или социальный оттенок смирения и служения, что было характерно для мусульманских имён вплоть до начала XX века.