Фамилия Кубыткина — женская форма фамилии Кубыткин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Кубытка. Самая вероятная основа здесь — слово «кубыть» или «кубытка», которое в русских говорах имело несколько значений. В первую очередь, кубыткой называли небольшую кадушку, бочонок или деревянную посуду для хранения продуктов. Прозвище Кубытка могли дать полному, коренастому человеку, которого сравнивали с бочонком, либо, наоборот, бондарю — мастеру по изготовлению такой утвари.

Менее распространённая, но тоже возможная версия отсылает к диалектному глаголу «кубыть» — «заботиться, хлопотать, ухаживать». В этом случае прозвище Кубытка закреплялось за домовитым, хозяйственным или суетливым человеком. Спор между этими двумя трактовками решается в пользу «бочонка»: прозвища по внешности в русской ономастике встречаются чаще, чем по манере поведения, и суффикс -ка в основе характерен именно для уменьшительных, прозвищных форм.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?» — Кубыткин), то есть изначально это было отчество или фамилия по отцу: Кубытка → Кубыткин сын → Кубыткин. Фамилия недворянская, типичная для крестьянской или мещанской среды центральной России и Поволжья, где говоры с «кубыткой» были распространены.

Географически фамилия Кубыткины встречается в основном в Нижегородской, Кировской областях и в Чувашии — это зона бытования севернорусских и среднерусских говоров, где слово «кубыть» в значении «кадка» фиксируется диалектными словарями. Встречаются и однокоренные варианты — Кубытов, Кубышев, но Кубыткин стоит особняком из-за характерного суффикса -к-, который делает прозвище более конкретным и бытовым.

Таким образом, предок современных Кубыткиных, скорее всего, был либо круглым и плотным мужчиной, либо бондарем, чьё прозвище закрепилось за родом. Фамилия нередкая, но и не массовая, что подтверждает её локальное, диалектное происхождение.