Фамилия Кудобкин — редкий случай, где корень угадывается не сразу, но при ближайшем рассмотрении оказывается прозрачным. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Кудобка, которое, в свою очередь, образовано от глагола «кудобить». В русских говорах это слово означало «бить, колотить, наносить побои», а также «беспокоить, тревожить, донимать». Таким образом, Кудобкой могли прозвать человека драчливого, задиристого или же, напротив, того, кто постоянно жаловался и докучал окружающим — в разных диалектах оттенки значения расходились.

Модель образования проста и архаична: суффикс -к- (Кудоб-к-а) переводит глагольную основу в разряд личных прозвищ, а затем фамильный суффикс -ин добавляет значение принадлежности. Кудобкин — буквально «сын Кудобки» или «человек из рода Кудобки». Такая схема типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно распространены. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от названий профессий или отчеств на -ович, -ин тяготеет к прозвищам и личным именам, оканчивающимся на -а, -я.

Стоит отметить, что в некоторых говорах «кудобить» имело и более мирное значение — «убирать, приводить в порядок, хлопотать по хозяйству». Так что предок мог быть не драчуном, а рачительным хозяином или суетливым человеком, вечно занятым делами. Словарь Даля фиксирует и слово «кудоба» — хлопоты, забота, возня. Эта версия менее агрессивна и, возможно, более вероятна для фамилии, закрепившейся в крестьянской среде.

Других очевидных корней у фамилии нет. Созвучие с тюркскими или финно-угорскими словами случайно: основа чисто славянская, с прозрачной глагольной этимологией. Фамилия редкая, в современных справочниках массово не представлена, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, из одной или нескольких смежных деревень, где прозвище Кудобка было в ходу. Встретить Кудобкиных можно в основном в центральной России и Поволжье, но без специального генеалогического исследования точную географию не сузить.