Фамилия Кудюшкина — женская форма, а мужская, Кудюшкин, образована по типичной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Кудюшкин буквально значит «сын Кудюшки» или «человек из семьи Кудюшки». Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Кудюшка.

Корень здесь — куд-, который в русских говорах имеет несколько значений. Самое очевидное и часто встречающееся в ономастике — «кудри», «кудрявые волосы». Человека с вьющимися волосами могли прозвать Кудря, Кудряш, а уменьшительная форма — Кудюшка. Суффикс -юшк- в данном случае не ласкательный (как в «бабушка»), а скорее прозвищный, характерный для северных и центральных говоров. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные модели описаны как типичные для прозвищ по внешнему признаку.

Есть и вторая, менее распространённая версия. В некоторых диалектах куды, кудюки — это не только кудри, но и «кудель», то есть пучок льна, приготовленный для прядения. Тогда Кудюшка — прозвище прядильщика или человека, похожего на кудель (например, с мягкими, пушистыми волосами). Эта версия интересна тем, что связывает фамилию не с внешностью, а с ремеслом, но она уступает первой по вероятности: прозвища по волосам встречаются гораздо чаще.

Географически фамилия Кудюшкин тяготеет к Поволжью и северо-западным областям России. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с такой фамилией в Вятской, Костромской и Архангельской губерниях. Это говорит о том, что предки носителей фамилии были, скорее всего, государственными или помещичьими крестьянами, а не дворянами: дворянские фамилии чаще оформлялись через -ов/-ев или -ский и имели более книжную основу.

Фамилия Кудюшкина — не редкая, но и не массовая. Её уникальность в том, что она сохранила старую прозвищную форму с суффиксом -юшк-, который в современном русском языке почти не используется для образования фамилий. Если сравнивать с однокоренными — Кудрявцев, Кудрин, Кудряшов — то Кудюшкин стоит особняком: он звучит архаичнее и явно указывает на деревенское, допетровское происхождение.