Фамилия Куэнис — один из тех случаев, когда написание почти полностью скрывает происхождение. На первый взгляд она выглядит как латышская или литовская: окончание -ис типично для балтийских фамилий (ср. Берзиньш, Калныньш, Лиепиньш). Однако в латышском языке ударение в таких фамилиях падает на первый слог, а «э» произносится как долгий звук [ē]. В русском же бытовании фамилия чаще звучит с ударением на второй слог — Куэ́нис, что наводит на мысль о немецком или еврейском корне.

Скорее всего, перед нами вариант фамилии Кюн (Kühn) или Кюне (Kühne), распространённой среди немецких колонистов и остзейских немцев. Немецкое kühn означает «смелый, отважный». При переходе в русскую среду фамилия могла обрусеть через прибавку суффикса -ис, который в Прибалтике нередко добавляли к немецким основам (например, фамилия Шмидт → Шмидис). В таком случае Куэнис — это «сын (или потомок) смелого», а исходная форма могла выглядеть как Кюнис, но под влиянием русского произношения «ю» перешло в «уэ».

Вторая, менее вероятная версия — происхождение от литовского личного имени Kūnas (тело, туловище) или от kūnis (плотный, коренастый). Но тогда логичнее была бы фамилия Кунис без «э». Поскольку форма Куэнис фиксируется в документах XIX — начала XX века именно в западных губерниях Российской империи (Виленская, Ковенская, Курляндская), наиболее правдоподобен немецко-балтийский след. Предки носителя фамилии могли быть ремесленниками, мелкими торговцами или лютеранами, переселившимися в Прибалтику из Германии в XVIII веке.

Словообразовательная модель здесь необычна: основа (немецкое прилагательное) + балтийский патронимический суффикс. Такое смешение — прямое отражение пёстрой этнической истории Прибалтики, где немецкое дворянство и бюргерство веками соседствовало с латышами и литовцами, обмениваясь не только товарами, но и фамилиями.