Фамилия Кугергин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа, суффикс и география бытования указывают на то, что перед нами не столько русская, сколько русифицированная фамилия, скорее всего, финно-угорского или тюркского корня. Разберёмся по порядку.

Модель образования — типично русская: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Обычно такие фамилии образовывали от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я. Но основа «Кугерг» в русском языке ничего не значит. Это и есть ключ: корень пришлый, а суффикс — чисто русский, что характерно для фамилий народов Поволжья и Урала, которые в XIX веке массово получали русские патронимические окончания.

Самый вероятный источник — марийский язык. В марийском есть слово «кугыргаш» — «греметь» или «грохотать», а также «кугыр» — «гром». От этого корня могло образоваться прозвище Кугерга (Кугергей) — «громкий», «шумный» или «громоподобный». Прозвище давали либо крикливому человеку, либо тому, кто обладал громким голосом. В марийской ономастике есть фамилии с похожей структурой (Кугергин, Кугергинцев), и они действительно привязаны к территории Марий Эл и востока Татарстана.

Менее вероятная, но возможная версия — тюркская. В чувашском и татарском языках есть слово «кӳкĕрт» (сера). Однако переход «кӳкĕрт» → «Кугерг» фонетически неочевиден, и такая этимология потребовала бы дополнительных допущений. Марийская версия объясняет форму проще и прямее.

Таким образом, Кугергин — это «сын Кугерги» (или Кугергея), где исходное прозвище означало «громкий» или «грохочущий». Фамилия почти наверняка сформировалась в среде марийских крестьян, которые после крещения получали фамилии по отцу, но сохраняли в основе дохристианские прозвища. Встретить Кугергиных сегодня можно в основном в Марий Эл, Кировской области и Татарстане — в ареале расселения марийцев.