Фамилия Кукокина — женская форма фамилии Кукокин, и её разбор стоит начать с мужского варианта. Кукокин образована с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин, который указывает на родство или связь: «чей?» — Кукокин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Кукока. Основа здесь — Кукок-, и именно в ней кроется главная загадка.

Слово «кукока» в современном русском языке не встречается, но его можно реконструировать через диалекты и родственные слова. Наиболее вероятная версия: это вариант слова «кука» — так в северных и сибирских говорах называли куклу, игрушку, а также нечто маленькое, невзрачное или смешное (сравните: «куколь» — свёрток, «кукла»). Удвоение «кок» могло возникнуть как экспрессивный повтор, характерный для прозвищ: Кукока — человек, похожий на куклу, либо маленький ростом, либо чрезмерно нарядный, либо, наоборот, нелепый в движениях. Вторая, менее популярная гипотеза связывает прозвище с глаголом «куковать» — жить одиноко, горевать, но тогда основа скорее была бы «кукук-» или «кукушк-», что фонетически менее убедительно.

Географически фамилия редкая. По данным открытых списков, Кукокины встречаются в основном в центральных и северо-западных регионах России, например, в Тверской и Псковской областях, а также в Сибири — в местах переселения крестьян в XIX веке. Это указывает на крестьянское или мещанское происхождение: фамилия не дворянская, не книжная, а бытовая, возникшая в среде, где прозвища давали по внешности или характеру.

Интересно, что фамилия Кукокин не попала в фундаментальные ономастические словари (Унбегауна, Никонова), что говорит о её локальности и малой распространённости. В отличие от более частых «Кукушкин» или «Кукин», Кукокин сохранила редкую огласовку, которая могла быть искажением при переписи: в некоторых говорах «кукока» могло звучать как «кукокать» — подражать кукушке или болтать вздор. Таким образом, носитель фамилии Кукокина — потомок человека, которого в деревне прозвали забавной, маленькой или суетливой «кукокой».