Фамилия Кумпекеев — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает любую другую версию происхождения. Она явно несёт на себе отпечаток тюркских языков, и её ареал — юг Западной Сибири, скорее всего, Омская или Томская область, где исторически жили сибирские татары, а также казахи. Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединили к тюркской основе Кумпекей.

В основе лежит личное имя или прозвище Кумпекей. В тюркских языках корень «күм» или «кум» может означать «песок» или «песчаный», а «пекей» — уменьшительный или ласкательный аффикс, часто встречающийся в личных именах (сравните с казахскими именами на -бек, -кей). Таким образом, Кумпекей могло быть прозвищем человека, жившего в песчаной местности, либо именем-оберегом, данным ребёнку, чтобы он был «невесомым» или «незаметным» как песчинка.

Менее вероятна, но возможна версия, связывающая фамилию с тюркским словом «күмпек» — «холм», «бугор». В таком случае Кумпекей — человек, живший на возвышенности или получивший прозвище по характерному признаку местности. Суффикс -кей в этом случае мог быть просто народной переделкой в сторону более привычного для русского уха звучания.

Интересная деталь: фамилия Кумпекеев не зафиксирована в классических словарях русских фамилий (Унбегаун, Никонов), что подтверждает её локальный и, скорее всего, поздний характер. Она не «дворянская» и не «крестьянская» в привычном понимании — это фамилия, которая появилась у сибирских инородцев при массовой паспортизации в 1920–1930-е годы. Предки носителя фамилии, вероятно, были кочевниками или полуоседлыми скотоводами, а сама фамилия закрепилась за одним родом, ведущим начало от человека по имени Кумпекей.