Фамилия Кунелис — редкий пример, где географическое происхождение почти наверняка перевешивает любую другую версию. По структуре это типичная литовская фамилия с суффиксом -ис (-is), который в литовском языке указывает на мужской род и является аналогом русского окончания -ов/-ев. Без этого суффикса основа «Кунел» — это прозвище или имя, которое и легло в основу.

Самая прямая версия: Кунелис — это литовская или жемайтийская фамилия. В Литве и в приграничных районах Беларуси (бывшая Виленщина) фамилии на -елис (-elis) встречаются сплошь и рядом. Исходное слово — «kunelis», что по-литовски значит «князёк» или «княжич» (уменьшительное от «kunigas» — князь, в старой Литве так могли называть и священника, и мелкого помещика). Скорее всего, прозвище Кунелис дали либо сыну уважаемого человека, либо человеку с повадками «мелкого начальника» — не в обиду, а как деревенское прозвище.

Менее вероятная, но допустимая версия — от балтийского корня «kūn-» (тело, туловище). В таком случае Кунелис могло быть прозвищем крепыша или, наоборот, человека с заметной особенностью телосложения. Но лингвисты обычно отдают предпочтение первой версии: прозвища от титулов в Литве были массовыми (ср. Кунгас, Кунигас, Кунелис).

Что касается русского контекста: если вы встретили носителя фамилии Кунелис в России, то это, скорее всего, потомок литовцев или белорусов, переселившихся в XIX — начале XX века. В списках дворянства эта фамилия не встречается — это простонародная, крестьянская или мещанская фамилия, образованная от бытового прозвища. Никакой связи с греческими или еврейскими корнями у неё нет, несмотря на звучное окончание.