Фамилия Кунеркина — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, в её основе лежит нецерковное имя или прозвище Кунерка. Чтобы понять, что оно могло означать, стоит заглянуть в диалекты и соседние языки.

Корень «кунер» может восходить к диалектному глаголу «кунерить» — в некоторых говорах это означает «шалить, проказничать, делать что-то исподтишка». Соответственно, Кунеркой могли прозвать озорного или хитрого человека. Есть и более прозаичная версия: в тюркских языках (например, в татарском) слово «кун» означает «день», а «кунер» — «дневной, световой». В таком случае прозвище могло достаться человеку, родившемуся днём, или тому, кто работал исключительно в светлое время суток. В пользу этой версии говорит и то, что суффикс -к- в русских фамилиях часто присоединялся к иноязычной основе, адаптируя её.

Модель образования простая: к основе Кунерк- добавлен типичный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Кунеркин). Это значит, что фамилия пошла от главы семьи, которого в народе звали Кунерка. Встречается она преимущественно в центральных и поволжских регионах России, где исторически был активен контакт с тюркскими народами, что делает вторую версию с «дневным» корнем вполне правдоподобной.

Стоит отметить, что фамилия Кунеркина — «матронимическая» по форме, то есть образована от женского имени или прозвища Кунерка. Это не редкость: такие фамилии давали, если женщина была главой семьи после смерти мужа или если прозвище закрепилось за ней из-за её особых качеств. Таким образом, предок по женской линии мог быть той самой «кунеркой» — бойкой или сметливой женщиной.

О сословной принадлежности носителей фамилии в прошлом сказать сложно из-за её малочисленности. Скорее всего, это были крестьяне или посадские люди, так как фамилии на -ин в этой среде были особенно распространены. В дворянских родословных книгах Кунеркины не значатся.