Фамилия Куносенко образована по распространённой в украинской ономастике модели с суффиксом -енко, что означает «сын» или «потомок». Это один из самых характерных признаков украинских фамилий, особенно тех, что сформировались на Левобережье и Слобожанщине. Основа фамилии — личное имя или прозвище Куноса, которое само по себе требует разбора.

Самая вероятная версия — Куноса это производная форма от крестильного имени Конон (греч. Konon) или, реже, от канонического имени Кондратий (сокращение Кондрат → Кондраша → Куноша). В украинской народной среде имена часто усекали и переиначивали: Конон легко превращался в Кунона, а затем в Куноса. Суффикс -ос в данном случае — не греческий, а скорее результат адаптации: окончание -о в украинских именах (как Микола, Петро) могло быть переосмыслено, и в разговорной речи появилась форма с -а: Куноса. Так же, как от имени Иван возникло прозвище Ваноса или Иваноса.

Менее убедительна версия о связи с польским словом kunosa (куница) или тюркскими корнями. Для украинской фамилии, оканчивающейся на -енко, гораздо естественнее опора на славянское личное имя, чем на зооним. Куница как прозвище могла бы дать фамилию Куносенко, но тогда логичнее ожидать форму Куниченко или Куношенко — с другим суффиксом. Версия с именем Конон выглядит и фонетически, и исторически убедительнее.

Фамилия Куносенко — редкая. Она не встречается среди массовых украинских фамилий и не имеет широкого географического распространения. По косвенным данным, её носители могли происходить из центральных или восточных областей Украины (Полтавщина, Черниговщина, Сумщина), где суффикс -енко был доминирующим. В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не фиксируется, что может говорить о её позднем оформлении — возможно, в конце XVIII — начале XIX века, когда крестьянам массово присваивали фамилии по имени отца или деда.

Таким образом, Куносенко — это «сын Куносы», а Куноса, скорее всего, домашняя форма имени Конон. Предок носителя этой фамилии, вероятно, был простым крестьянином или казаком, которого в быту звали Куносом, и это прозвище закрепилось за его потомками.