Фамилия Куптараев — редкая и географически привязанная. Её основа — тюркское мужское имя Куптарай, которое состоит из двух частей: «куп» (обилие, много) и «тарай» (разбрасывать, рассеивать). В буквальном переводе имя может означать «щедрый», «тот, кто раздаёт богатство» или «обильно рассыпающий». Это типичная для тюркских языков описательная модель имени-пожелания: родители надеялись, что сын вырастет щедрым и не знающим нужды.

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилий от тюркских основ. В XIX — начале XX века, при переходе кочевников и крестьян к оседлости и паспортной системе, имена записывали на русский лад: к основе добавляли суффикс принадлежности. Куптарай превратился в Куптараев — «сын Куптарая». Такая же модель работает для фамилий Батыраев, Бектараев, где «тарай» встречается как компонент.

Самая вероятная географическая привязка — Казахстан и приграничные области России (Оренбуржье, Астраханская область, Алтай). В казахском языке слово «тарау» означает «распространяться, расходиться», а «көп» — «много». Имя Куптарай могло быть прозвищем для человека, который жил широко, не считал богатства, или для старшего в большом роду, от которого «разошлись» многочисленные потомки. Встречаются варианты написания Куптараев и Куптараевъ (дореволюционное), но корень везде один.

Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, недворянская. Куптараевы — выходцы из крестьян, казахов-скотоводов или мещан, получивших фамилию при записи в метрические книги. В дореволюционных источниках фамилия не фиксируется среди титулованных родов, что подтверждает её народное, «прозвищное» происхождение. Сегодня фамилия остаётся малочисленной, и её носители живут в основном в Казахстане и России, сохраняя связь с тюркскими корнями.