Фамилия Купякова — женская форма фамилии Купяков, и её происхождение напрямую связано с разговорным или диалектным прозвищем Купяк. В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев, образованных от полных крестильных имён, эта фамилия уходит корнями в мир прозвищ, которые давали по занятию, внешности или поведению.

Скорее всего, в основе лежит слово «купить» или «купля». Купяком на Руси могли называть человека, связанного с торговлей: мелкого купца, перекупщика, скупщика сельскохозяйственных продуктов. В северных и сибирских говорах «купяк» иногда означало «скупой» или «прижимистый» — такое прозвище закреплялось за человеком, который торгуется до последнего. Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: «купяк» могло быть производным от тюркского «кюпяк» (пена, накипь) — в таком случае прозвище носило бытовой, возможно, ироничный характер (например, «шумный, как пена»).

Модель образования проста: к основе Купяк- добавился типичный русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («сын Купяка»). Суффикс -як характерен для прозвищной лексики (сравните: Рыжак, Гуляк, Толстяк) и редко встречается в фамилиях от канонических имён. Это сразу отличает Купяковых от фамилий вроде Куприянов или Кузьмин — там основа — церковное имя.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским регионам, особенно к бывшим торговым слободам и казачьим землям. В документах XIX века Купяковы фиксируются среди крестьян и мещан Курской, Воронежской и Тамбовской губерний. Встречаются также варианты написания с одной «п» — Купяков, но более редкий. Изначально ударение, вероятно, падало на второй слог (Купя́ков), хотя в современном бытовании часто смещается на первый.

Таким образом, носитель фамилии Купякова может с высокой долей уверенности считать, что его предок получил прозвище от торгового дела — был купцом, перекупщиком или просто человеком с хваткой, которую в народе называли «купецкой».