Фамилия Кусэмек — редкая и неочевидная с точки зрения русского языка. Её происхождение, скорее всего, не славянское, а тюркское, и чтобы понять её смысл, придётся отойти от привычной модели «Иван — Иванов».

Ключ к разгадке — основа «кусэ» или «кусе». В ряде тюркских языков (например, в башкирском и татарском) слово «күсе» означает «мышонок» или «маленький грызун». Суффикс «-мек» в тюркских языках часто образует отглагольные существительные или уменьшительные формы. В данном случае, если принять версию с «мышонком», суффикс может указывать на что-то маленькое, незначительное или служить прозвищным показателем. Тогда Кусэмек — это «мышонок» или «маленький, как мышонок», прозвище, данное юркому, невысокому или тихому человеку.

Есть и другая, более сложная версия. В тюркских языках существует корень «кус» — «птица», но форма «кусэмек» под него не ложится. Вероятнее, что основа — «кусэ» (мышь) + аффикс принадлежности или уменьшительности. Фамилия могла возникнуть в среде татар, башкир или чувашей, где прозвища по животным были обычным делом. В русскую традицию она попала через запись в метрических книгах, где искажённое тюркское слово закрепилось в виде фамилии.

Словообразовательная модель нестандартна для русских фамилий: здесь нет суффиксов -ов, -ин, -ский. Фамилия застыла в форме тюркского прозвища, не получив привычного русского окончания. Это указывает на её позднюю фиксацию или на то, что носители долго сохраняли исходное произношение. Географически фамилия Кусэмек, скорее всего, привязана к регионам Поволжья и Приуралья — Башкортостану, Татарстану, Оренбургской области.

Итог: предок носителя фамилии Кусэмек, вероятно, получил прозвище за внешность или характер — маленький, шустрый, незаметный, как мышонок. Фамилия — редкий пример прямого заимствования тюркского прозвища без русской грамматической обработки.