Фамилия Кушеева — женская форма фамилии Кушеев, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель «Куше-ев» указывает на типично русское образование от прозвища или имени, оканчивающегося на согласный. Суффикс -ев (вариант -ов после мягких согласных и шипящих) в XVI–XVII веках закрепился за фамилиями дворян и крестьян, но в данном случае сословную принадлежность определить сложно — в архивах фамилия встречается в разных губерниях, без явной привязки к знати.

Основа «Куш-» в русских говорах имеет несколько значений. Самое вероятное — от слова «куш»: в старину так называли крупную сумму денег или выигрыш (от тюркского «кош» — ставка, доля). Прозвище Кушеем могли дать человеку удачливому, богатому или, наоборот, транжире. Менее распространённая версия — от диалектного «куша» (куча, груда), что могло относиться к коренастому, плотному человеку. Третья, более спорная, связь с тюркским «куш» (птица) — маловероятна для русской фамилии, так как суффикс -еев нехарактерен для тюркских языков, а в русской среде подобные заимствования обычно проходили через прозвища, а не напрямую.

Интересная деталь: фамилия Кушеев встречается в двух основных ареалах — в Поволжье (особенно в бывшей Симбирской губернии) и на юге России (Кубань, Ростовская область). Это намекает на возможную связь с казачеством или купечеством, где прозвища, связанные с деньгами, были распространены. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» однокоренные варианты (Куш, Кушов) отмечены как прозвищные, но сама фамилия Кушеев не упоминается — что говорит о её относительной редкости.

Если сравнивать с похожими фамилиями (Кушнеров, Кушаков), то Кушеева стоит особняком: она не указывает на профессию (как, например, Кушнеров — от «кушнер» (скорняк)) и не имеет уменьшительно-ласкательной формы. Это прямое прозвище, которое закрепилось за родом без изменений. Для носительницы фамилии это означает, что её предки, скорее всего, не были ремесленниками или крестьянами с типичным «уличным» прозвищем — их отличала какая-то яркая черта, возможно, связанная с достатком или характером.