Фамилия Куснер — немецкого происхождения. Она образована от прозвища Kushner, которое восходит к немецкому слову «kushner» — «меховщик». Такое прозвище относилось к профессиональным именованиям: предок носителя этой фамилии занимался выделкой мехов, шитьём или торговлей меховыми изделиями.

В немецкой ономастике фамилии, оканчивающиеся на -er, часто указывают на ремесло или занятие (ср. Müller — мельник, Schneider — портной). Куснер стоит в этом же ряду. Слово «Kürschner» (современное немецкое написание) со временем могло упроститься в разговорной речи до «Kusner», особенно в восточных диалектах или в среде переселенцев.

На территорию Российской империи фамилия попала с немецкими колонистами, которых приглашали осваивать Поволжье и южные губернии в XVIII–XIX веках. Поэтому у многих носителей фамилии Куснер корни — именно из немецких поселений. Встречается она и среди еврейских семей, поскольку в идише слово «קושנער» (kushner) тоже означало «скорняк» или «меховщик» — это одна из типичных фамилий, образованных от названия ремесла, которое было распространено в местечках.

В написании возможны варианты: Куснер, Кусснер, Кушнер (с утратой или сохранением шипящего). В русском языке закрепилась форма без «ш» — Куснер, хотя немецкое произношение ближе к «Кюршнер». Изменение связано с тем, что при записи фамилии в документах звук адаптировали под привычную русскую фонетику.

Таким образом, основная версия происхождения фамилии Куснер — профессиональное прозвище немецкого или еврейского скорняка. Других убедительных этимологий нет: связь с каким-либо славянским корнем или топонимом маловероятна.