Фамилия Кусниденов — редкий пример тюркско-арабского сращения в одной основе. Её ядро — составное мужское имя Кусниден, которое склеило два разных корня: «Кусни» и «Ден». Первая часть, скорее всего, восходит к диалектному варианту имени Кусянак, что в тюркских языках значит «долгожданный». Вторая часть — «Ден» — это фонетический вариант арабского «Дин» (религия, вера). В сумме имя Кусниден осмыслялось как «долгожданная религия».

Родители, давая такое имя, вкладывали в него пожелание: чтобы сын вырос стойким в вере, достойным мусульманином. Со временем от имени Кусниден по стандартной русской патронимической модели — с помощью суффикса -ов — образовали фамилию Кусниденов. Суффикс указывает на принадлежность: «сын Куснидена». Это типичный для тюркских народов, вошедших в состав Российской империи, способ русификации фамилий, когда арабское или тюркское имя просто «обрусело» окончанием.

Сложность фамилии в том, что имя Кусниден — нечастый композит. В ономастике такие сдвоенные имена встречаются, но редко фиксируются в словарях. Географически фамилия тяготеет к регионам с традиционным исламом и тюркскими языками — Поволжье, Урал, Западная Сибирь, где имя Дин (Ден) было популярно как самостоятельное. Аналогов по модели — Кусянаков, Денисов — много, но Кусниденов стоит особняком из-за необычного первого компонента.