Фамилия Кустанов — редкий случай, когда географический корень почти очевиден, но не единственный. Её основа — «кустан» — с большой вероятностью отсылает к топониму Кустанай (ныне Костанай в Казахстане). Так могли назвать человека, который переехал из этого города или региона в центральную Россию. Модель образования простая: к названию места добавили суффикс -ов, и получилась фамилия, отвечающая на вопрос «чей?» — то есть «человек из Кустаная». В пользу этой версии говорит и то, что фамилии, образованные от названий городов на -ай, -ей, — явление нередкое (сравните: Саратов — Саратов, но тут адаптация через «кустанов»).

Однако есть и другой путь. В русских говорах слово «кустан» могло означать «куст» или «заросли» (диалектная форма от «куст»). В этом случае прозвище Кустан давали человеку, жившему в густых кустарниках, либо коренастому, приземистому — по ассоциации с кустом. Суффикс -ов тогда просто оформляет фамилию по стандартной патронимической модели. Эта версия менее броская, но лингвистически более надёжная: топонимические фамилии от Кустаная встречаются редко, а диалектная лексика — частая основа для русских прозвищ.

С точки зрения словообразования, фамилия входит в самую массовую группу русских фамилий на -ов. Она не указывает на род занятий предка, но говорит о его прозвище или месте жительства. Сословная принадлежность не прослеживается: Кустановы могли быть и крестьянами, и мещанами. Встречаемость фамилии низкая, она не зафиксирована в крупных ономастических словарях как общеизвестная, что подтверждает её локальный характер — скорее всего, она возникла в одном из южнорусских регионов или в Поволжье, где были сильны контакты с кочевыми территориями.

Интересная деталь: если основа всё же от Кустаная, то фамилия — относительно молодая. Город Кустанай основан в 1879 году, и фамилия от него могла появиться только после этого срока. Если же от «куста» — она может быть старше на пару веков. Однозначно определить, какая версия верна для конкретного рода, можно только по семейным преданиям или архивным записям.