Фамилия Кустицкие — это типичная «географическая» фамилия, указывающая на выходца из определённой местности. Её основа — название населённого пункта, скорее всего, села Кустино. Такие села встречаются в Середина-Будском районе Сумской области, а также в других регионах, где говорят по-русски и по-украински. Модель образования простая: к названию места добавили суффикс -цк(ий), который в славянской ономастике как раз и служил для создания фамилий по принципу «откуда родом». В польской традиции, откуда пришла эта модель, окончание -ский/-цкий считалось дворянским, но в восточнославянских землях его быстро переняли все сословия, так что аристократического подтекста здесь нет.

Название села Кустино, в свою очередь, восходит к слову «куст». Но на этом история не заканчивается. В московских и владимирских говорах «кустом» или «кустарём» называли мелкого промышленника, ткача, который работал на дому, а не на фабрике. Было у этого слова и другое, менее лестное значение — барышник, перекупщик. Поэтому не исключено, что фамилия могла возникнуть и напрямую от прозвища Куст или Кустицкий, которое дали человеку по его ремеслу или роду занятий. Прямая связь с растением тут вторична: важнее то, что слово «куст» в народной речи было многозначным.

Окончание -цкие (множественное число от -цкий) указывает на то, что речь идёт о роде в целом. В старой России так часто записывали крестьянские семьи, переселившиеся из одной деревни в другую: «Кустицкие» означало «те, кто из Кустина». Точное время возникновения фамилии установить сложно, но, судя по суффиксу и географии, она сформировалась не раньше XVI–XVII веков, когда подобные модели стали массово распространяться среди всех слоёв населения.