Фамилия Куструба — редкий случай, когда прозвище стало фамилией почти без изменений, без типичных суффиксов -ов, -ин или -ский. Это указывает на то, что перед нами, скорее всего, так называемая «окаменевшая» форма прозвища, которая закрепилась в белорусской или украинской традиции, где фамилии часто образовывались напрямую от характеристики человека.

Основа фамилии — «куструб». В славянских говорах, особенно в украинском и белорусском языках, слово «куструб» или «коструб» имело два основных значения. Первое — «неряха», «взлохмаченный человек», от корня, связанного с «кудлатый», «косматый» (сравните с персонажем славянского фольклора Кострубом — соломенным чучелом, символом чего-то растрёпанного). Второе значение — «пень», «коряга», «обрубок дерева». Прозвище могли дать либо человеку с неопрятной, торчащей в стороны шевелюрой, либо коренастому, приземистому мужчине, похожему на крепкий пень.

Словообразовательная модель здесь архаичная. Обычно прозвища на -а, -о становились фамилиями в южнорусских и западнорусских землях, где не было жёсткой необходимости добавлять суффикс принадлежности. Поэтому географически фамилия Куструба почти наверняка имеет украинское или белорусское происхождение, возможно, из Полесья или Черниговщины — регионов, где говор сохранил такие корни.

Споров вокруг этимологии почти нет: обе версии (растрёпанный человек или коренастый) лежат в одной семантической плоскости и описывают внешность. Версия с «пнём» чуть правдоподобнее, так как в говорах слово «куструб» чаще фиксировалось именно в значении «обрубок», а перенос на внешность человека — вторичен. Социальный контекст: прозвище давали в крестьянской среде, где меткое слово быстро заменяло имя, и никакого отношения к сословной принадлежности, кроме простонародной, эта фамилия не имеет.

Однокоренных фамилий в русском ономастиконе почти нет — это делает Куструбу уникальным случаем. Если бы фамилия русифицировалась, она звучала бы как Куструбов, но в исходном виде она сохранила прямую связь с диалектным прозвищем, которое когда-то точно описывало конкретного человека.