Фамилия Кустура — один из тех редких случаев, когда географический ключ оказывается важнее лингвистического. Основная версия происхождения — украинская или южнорусская, из регионов, где было распространено слово «куст» в значении «кустарник, заросли». Но при этом фамилия образована не напрямую от «куст», а через прозвище или диалектное слово «кустура» — так в некоторых говорах называли густой кустарник, а также человека, который живет в такой местности или занимается заготовкой хвороста.

Модель образования — на -ура, что для славянских фамилий редкость. Обычно суффикс -ур- встречается в польских и западноукраинских фамилиях (Ковальчура, Мазура), а также в южнославянских. В случае Кустуры это, скорее, не суффикс, а часть корня: слово могло звучать как «кустура» целиком, без членения на «куст» и «ур». В украинских диалектах зафиксировано «кустура» — густой, непроходимый кустарник, а также, по некоторым данным, прозвище нелюдимого или угрюмого человека, который «сидит в кустах».

Вторая, менее вероятная версия — связь с южнославянским «кустур» (сербское «кустур» — «палка, трость»), но это уже совсем другая ареальная группа, и для русской фамилии Кустура такое объяснение выглядит натянутым. Скорее всего, фамилия местная, из черноземных областей России или восточной Украины, где кустарниковые заросли были типичным ландшафтом.

О сословной принадлежности предков сказать сложно: Кустуры могли быть как крестьянами, получившими прозвище по месту жительства или занятию, так и казаками — в казачьей среде такие «кустовые» прозвища встречались. В документах фамилия фиксируется с XIX века, но не массово, что говорит о её локальном характере. Правописание стабильное: через «у» после «к», без вариантов вроде «Кустюра» или «Кустуров».