Фамилия Куузисте — редкий случай в русском ономастиконе, потому что она не русская по происхождению, а эстонская. Её принесли в Россию, скорее всего, выходцы из Эстонии или потомки эстонских переселенцев, которые обосновались в приграничных районах, в Петербургской губернии или в Сибири во время столыпинских реформ. В отличие от типичных русских фамилий на -ов, -ин или -ский, Куузисте образована по эстонской модели: это форма от географического названия или прозвища, оформленная суффиксом -сте, который в эстонском языке указывает на происхождение из определённого места.

Основа фамилии — эстонское слово «kuus» (ель) или «kuusik» (ельник). Буквально Куузисте можно перевести как «из елового места» или «еловый». Вероятнее всего, фамилия дана человеку, который жил в местности, где росло много елей, или происходил из хутора или деревни с таким названием. В Эстонии есть несколько топонимов с корнем Kuusi- (например, деревня Куузику), и фамилия могла закрепиться за переселенцем, который назвал себя по родному месту.

С точки зрения словообразования, это типичная для прибалтийско-финских народов модель: основа + суффикс принадлежности или места. В русском контексте фамилия не склоняется по падежам (как и многие иноязычные фамилии на согласный), что иногда создаёт трудности при заполнении документов. Правдоподобная версия появления фамилии в русской среде — эстонские крестьяне или ремесленники, которые переселились в Российскую империю в XIX — начале XX века и принесли с собой свою родовую фамилию, которая так и осталась без русификации.

В отличие, скажем, от фамилии Куусинен (где суффикс -nen указывает на принадлежность к роду), Куузисте — более топонимическая форма. Среди носителей фамилии в России и бывшем СССР можно встретить людей, чьи предки были эстонцами-лютеранами, но со временем фамилия обрусела: сейчас её носят и русские по культуре люди, утратившие эстонский язык. Споров о происхождении корня почти нет — значение прозрачно, но вот точное место, откуда пошла фамилия, установить без генеалогического поиска по конкретной семье невозможно.