Фамилия Куьышина — редкий случай, когда написание фамилии сразу бросается в глаза. Буквосочетание «ьы» нетипично для русского языка: обычно мягкий знак смягчает предшествующую согласную, а «ы» — твёрдая гласная, которая после мягкого знака почти не встречается. Это указывает на то, что фамилия, скорее всего, не исконно великорусская, а передаёт звучание другого языка — возможно, тюркского или финно-угорского, где такое сочетание произносится естественно.

Скорее всего, в основе фамилии лежит личное имя или прозвище Куьыш или Куьыша. В тюркских языках корень «куш» или «куьыш» может означать «птица» (например, в татарском «кош» — птица). Форма с мягким знаком и «ы» могла возникнуть при адаптации местного произношения: в некоторых диалектах (например, у чувашей или башкир) гласные произносятся иначе, и при записи паспортистами буква «ь» ставилась для передачи мягкости или редуцированного звука.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Куьышина — «дочь Куьыша» или «жена Куьыша». В русской традиции такие фамилии образовывались от мужских имён или прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Если бы фамилия была мужской, она звучала бы как Куьышин.

Географически фамилия может быть привязана к регионам Поволжья или Урала, где исторически жили тюркские народы, а также к северным областям, где встречаются финно-угорские языки (коми, удмурты). В русских переписях такие фамилии редки и обычно встречаются в местах смешанного населения.

Версия о связи с тюркским «птица» кажется правдоподобнее: прозвище Куьыш могли дать ловкому, быстрому человеку или охотнику на птиц. Менее вероятно, хотя и возможно, что основа восходит к личному имени Куйыш (от тюркского «куй» — овца) — в этом случае фамилия означала бы «овечий пастух» или «владелец овец», но такая трактовка требует дополнительных диалектных подтверждений.

Таким образом, фамилия Куьышина — не русская по происхождению, а результат записи иноязычного прозвища или имени русскими буквами с сохранением необычного произношения. Предки носителя, скорее всего, жили на стыке культур и говорили на одном из тюркских языков.