Фамилия Кужонова — женская форма от Кужонов, и её разбор стоит начать с неочевидного на первый взгляд корня. Основа «кужон» не имеет прямого значения в современном русском языке, что сразу указывает на несколько возможных путей происхождения. Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «куж» или «кужа» — в некоторых говорах так называли корзину, кузов, а иногда и плетёный шалаш или укрытие. Тогда Кужон — это человек, который делал такие кузова (кужонок — уменьшительное), то есть предок мог быть корзинщиком или плетельщиком. Суффикс -он- в основе встречается реже, чем стандартные -ов/-ев, и часто указывает на прозвищное происхождение, возможно, от слова с уменьшительным оттенком.

Вторая, менее распространённая гипотеза — связь с тюркскими языками, где «кужон» могло быть переосмыслением имени или прозвища. В татарском и башкирском есть слово «куж» (күж) — «сила, мощь», а также личное имя Кужак, от которого через русскую модель могли образовать Кужонов. Но эта версия слабее: для неё нет устойчивой географической привязки, и фамилия Кужонов не встречается массово в регионах с тюркским населением, что делает версию с ремеслом предпочтительнее.

Фамилия редкая, её носители в основном фиксируются в центральных и северных областях России — Вологодской, Костромской, Нижегородской. Это косвенно подтверждает диалектную версию, так как слово «куж» в значении корзины бытовало именно в этих краях. Сословно предки Кужоновых, скорее всего, относились к крестьянам или ремесленникам, так как прозвище по роду занятий — самый частый путь возникновения таких фамилий у непривилегированных слоёв.

Ударение в фамилии, вероятно, падает на второй слог — Кужо́нова, что соответствует типичной модели для фамилий на -онов. В написании важно не путать с фамилией Куженова, которая могла образоваться от другого корня (например, от «кужень» — вид рыбы). В целом, Кужонова — фамилия с прозрачной, хоть и не лежащей на поверхности этимологией, указывающей на конкретное занятие предка: плетение кузовов или изготовление корзин.