Фамилия Квинцерт — редкий пример немецкого по происхождению прозвания, которое в русской среде почти не изменило своего звучания. В отличие от большинства остзейских или ремесленных немецких фамилий, осевших в России, эта не получила типичного славянского суффикса вроде -ов или -ин. Она закрепилась в исходной форме, что указывает на позднее, часто индивидуальное, появление в документах — скорее всего, в конце XIX — начале XX века.

Основа фамилии, скорее всего, восходит к немецкому слову Querzert или диалектному Quinzert, что может означать «поперечный» или «косой». В южнонемецких диалектах существовало прозвище Querz для человека со странной походкой или необычным взглядом на вещи. Суффикс -ert в немецкой ономастике часто образует фамилии от прозвищ или профессий (сравните Schreibert — от писаря).

Вторая, менее вероятная, версия связывает фамилию с топонимом. В Рейнланд-Пфальце есть деревня Квинцерт (Quinzert), и фамилия могла возникнуть как указание на выходца оттуда. Однако для России такой вариант маловероятен — единичные переселенцы из крошечных немецких деревень редко сохраняли топонимическую фамилию без изменений.

Встречаемость фамилии в современных базах крайне низкая. Основные следы — в Поволжье и на юге Украины, где в XIX веке существовали немецкие колонии. Фамилия не получила дворянского статуса и не фиксируется в родословных книгах. Скорее всего, первый носитель Квинцерт был ремесленником или крестьянином, получившим прозвище за характерную черту — например, за то, что ходил вразвалку или держался особняком.