Фамилия Кылатчанов — редкая и географически привязанная. Её основа — топоним или этноним, а не личное имя или профессия. Скорее всего, её корень — «Кылатча»: так называется село в Узбекистане (Кылатча, Кашкадарьинская область) и одноимённый кишлак в Таджикистане. Фамилия образована по модели «название места + -ов»: житель Кылатчи, выходец оттуда. Суффикс -ан- в основе (Кылатч-ан-ов) указывает на принадлежность к группе людей или роду: «кылатчане» — люди из Кылатчи, и уже от этого коллективного прозвища возникла фамилия.

Сам топоним «Кылатча» — тюркского происхождения. В основе лежит слово «кылат» (или «калат») — крепость, укреплённое поселение, а уменьшительный суффикс -ча даёт значение «крепостца», «небольшое укрепление». Такие названия характерны для Средней Азии, где множество кишлаков и селений именовались по оборонительным сооружениям. Таким образом, предок носителя фамилии — выходец из небольшого укреплённого селения.

Фамилия Кылатчанов, вероятнее всего, сформировалась в среде оседлого тюркского или иранизированного населения Средней Азии (узбеки, таджики). В XIX — начале XX века при переселениях или службе в Российской империи такие фамилии могли записывать по месту происхождения. Окончание на -ов — результат русификации, обычный для фамилий народов Средней Азии и Кавказа при включении в общероссийский документооборот.

Встречается фамилия крайне редко. По открытым данным, её носители живут преимущественно в Узбекистане, а также среди диаспор в России и Казахстане. Спорных версий происхождения практически нет: прозрачная топонимическая основа и отсутствие других значений слова «кылатча» в тюркских языках (кроме названия села) делают версию о происхождении от географического названия единственной правдоподобной. Сословная принадлежность предков не фиксируется — это могли быть как дехкане, так и ремесленники или мелкие торговцы из кишлака Кылатча.